某日，一道發光的不明物體自宇宙墜落地球並燃燒起來，隨後，六道不同顏色的光芒從其中飛散至各處。在墜落點的對岸沙灘上，一名擁有藍色長髮的少女搖搖晃晃地行走著，最終因力竭而倒下。在她的身旁，遺落了兩台攜帶型終端機，此時，一道人影朝她奔來，試圖將她救助。
17年後的某一天，一座龐大無比的要塞「螺旋城」自月球降臨，那是企圖殲滅人類的機械生命體「加魯法（ガルファ）」的基地。從要塞之中，無數名為「機械獸」的機械怪物向地球發動進攻。
此時，剛搬到星見町的少年——草薙北斗，在小學的操場上與正在練習拳法的少年——出雲銀河邂逅。正當兩人相識之際，多架吸收了迎擊衛星的機獸自天而降，開始攻擊城鎮。擔心家人的兩人急忙趕回家，途中卻發現一名正在哭泣的迷路少女，於是決定先行拯救她。
然而，就在機獸鎖定兩人並發動攻擊的瞬間，地面驟然裂開，一架巨大的藍色機器人自地下破土而出。在驚愕的兩人面前，機器人的胸部駕駛艙自動開啟，並將兩人迎入其中。
這正是人類最後的希望——「GEAR戰士電童」！
