物語的舞台始於一顆名為S-1星的行星，它繞行於名為索爾（ソウル）的恆星，是其第一行星。這顆星球曾經擁有高度文明，但不知何時開始，地表遭到放射能污染，導致居民只能生活在地下都市之中。隨著時間推移，輻射污染與物資短缺的問題變得越來越嚴重，就連地下都市的人們也面臨生存危機。
S-1星的首腦部內部對於解決問題的方向產生了激烈對立，分為兩大派別——科學派主張透過科技來淨化放射能，恢復星球的宜居環境，而軍事派則主張依靠武力侵略其他適合居住的星球，並遷移至該地。最終，掌握軍權的皇帝親衛隊隊長——加特拉（ガットラー）發動政變，暗殺皇帝，自封為「總統」，奪取最高權力，並駕駛亞空間要塞「阿爾戈爾（アルゴル）」，率軍朝侵略目標的星球進發。
然而，加特拉的親衛隊在政變期間殺害了科學派的領袖之一——馬林·雷根（マリン・レイガン）的父親，並嫁禍馬林為弒君兇手。為了復仇，馬林駕駛亞空間戰鬥機「帕爾薩邦（パルサバーン）」向阿爾戈爾發起挑戰，卻不幸被捲入亞空間跳躍之中。
由於亞空間跳躍發生異常，阿爾戈爾意外來到了西元2100年的太陽系。發現地球（太陽系第三行星）適合居住後，加特拉立即將S-1軍重組為亞空間戰隊「阿爾德巴朗（アルデバロン）」，並展開侵略行動。
另一方面，馬林被地球防衛組織「藍色修復者（ブルーフィクサー）」所屬的戰艦「巴爾迪普萊茲（バルディプライズ）」救起。在藍色修復者的認可下，他憑藉對加特拉的復仇決心**、能夠唯一駕駛帕爾薩邦的天賦，以及對地球湛藍大海與壯闊自然的熱愛，成為了新的戰士。他將帕爾薩邦與地球製的機械進行改造、合體，創造出巨大機器人「巴爾迪歐斯（バルディオス）」，並以此迎擊阿爾德巴朗軍隊。
然而，馬林的戰鬥道路充滿孤獨與苦難。他不僅無法獲得地球人的完全信任，還被S-1星的同胞視為背叛者。儘管如此，他仍選擇勇敢面對自己的命運。
隨著戰爭持續，戰鬥的規模變得愈發激烈，水星與金星相繼毀滅，而地球的大氣與環境也在戰火中發生劇變，逐漸變得與S-1星極為相似。最終，馬林意識到，人類正處於一場駭人的時間悖論之中……
