鎧鬥神出現
曾經的戰場——機兵之谷，羅姆斐拉的考古學者特列斯在此地發現了古代神「巴洛克剛（バロックガン）」，並意識到天使族的巫女是解開其封印的關鍵。為此，他組建了由無人機「従機兵<デ・ドール>」所操控的軍隊「創世軍奧茲瓦爾德（オズワルド）」，並開始攻擊聯盟軍。
天使族的公主莉莉娜為躲避奧茲瓦爾德的追捕，在逃亡中遭遇危機，兄弟守護天使中的哥哥米利亞爾戰敗。就在千鈞一髮之際，弟弟希洛接受了「超越之龍（スペリオルドラゴン）」賦予的力量，化身為騎士「飛翼鋼彈」，並進一步變身為巨大的鎧鬥神。與此同時，世界各地也出現了接受至尊龍力量的四名戰士，他們操控的機兵開始對奧茲瓦爾德展開反擊。
超絕！巨大變身
鎧鬥神飛翼與四台機兵的聯手輕鬆壓制了奧茲瓦爾德，但在雷光騎士「傑克斯」所駕駛的「雷迅將托爾吉斯（雷迅将トールギス）」以及其他三台機兵的攻勢下，最終敗北，飛翼被石化。失去飛翼的四名戰士選擇凝聚心意，變身為鬥神繼續作戰，而莉莉娜的祈禱讓飛翼真正覺醒。
黑色鎧鬥神
五鬥神成功擊敗了三機兵合體而成的「帝皇托爾吉斯（ギガトールギス）」，但特列斯利用巴洛克剛的魔力，將傑克斯變成「騎士次代（騎士エピオン）」，進一步化身為「鎧鬥神次代」。得知次代正是自己兄長米利亞爾的真相後，飛翼無法下手而被打敗。此時，啟示騎士「艾克斯（騎士エックス）」與四鬥神的搭檔們從阿爾加斯王國（アルガス王国）趕來，他們攜帶傳說中的道具與獸機支援戰局。在艾克斯的幫助下，飛翼得以復活，並解放了次代，將其從古代神的詛咒中救出。然而，莉莉娜卻被天使桃樂絲（天使ドロシー）帶走，成為巴洛克剛復活的祭品。
光臨的超鎧鬥神
吸收了莉莉娜後，巴洛克剛最終完全復活，並率領其麾下的近衛騎士團開始侵蝕史達德亞開世界（スダ・ドアカ），企圖將其轉化為自己的領域。另一方面，至超越之龍龍從異次元引導來的啟示騎士艾克斯解放並喚醒了石化中的「洗牌騎士團」，重生的「阿爾加斯（アルガス）騎士團」賦予了鬥神們新的力量。
攜帶著神託傳說神器的守護騎士團最終與霸界神展開了最終決戰，並以超鎧鬥神的助力擊敗了巴洛克剛。戰鬥結束後，超越之龍將超鎧鬥神與巴洛克剛融合，轉生為新的神明。史達德亞開世界由新的神與重生的阿爾加斯騎士團守護，而至尊龍則繼續踏上前往新次元的旅程。
