某天，正在訪問白鳥座アルビレオ雙星的惑星連盟學院學生ミクリ・マヤ，在使用i-Machine進行歐力哈魯特採礦作業時遭遇事故，不僅被捲入其中，還被教授們遺棄，獨自留下。不久後，一家名為「埃斯卡維特社」的歐力哈魯特民間採礦業者出現在現場，マヤ被他們救援到他們的母艦「ストゥルティー号」，僥倖生還。然而，她得知自己因涉嫌非法交易而被通緝，無奈之下接受了社長グレイマン的邀請，開始在埃斯卡維特工作。
之後，埃斯卡維特社採掘出的歐力哈魯特中出現了一個神秘的少女アリス。在保護被人狙擊的她的過程中，一邊穿梭於宇宙，一邊逐漸揭開了身為團隊成員之一，卻無實體存在的永恆轉化體（エバートランサー）・イド的記憶。
