西元2191年，地球人類於史上首次與地球外智慧生命體接觸，兩者之間並引發戰端。對方名為「卡米拉斯」。在擁有壓倒性軍事力量的卡米拉斯攻擊下， 地球防衛艦隊即將潰滅，且由於卡米拉斯冥王星基地發射的遊星炸彈對地球不斷轟炸，將人類逼進地下都市，大地一片枯竭，大氣遭到污染，地下都市中則因能源不 足、飢餓、暴動等狀況將人類逼入絕境。並且覆蓋地表的汚染亦往地下都市侵蝕。 2198年，地球接收了來自異星人行星「伊斯坎達爾」的「次元波動引擎」技術供應，並開啟了星際航行用宇宙戰艦「大和」號的建造計劃。 2199年1月，經科學家估計後得出，人類距離滅絶只剩下一年的時間。沖田十三提督所率的聯合國宇宙軍第一艦隊，在冥王星宙域開始了「メ號作戰」。這場戰鬥中，有一艘暗號代碼為「天照」（アマテラス）的宇宙船飛入太陽系。於火星等待「天照」的古代進與島大介，將墜落宇宙船中的座艙回收，並由撤退的宇宙戰艦 霧島號 收容回到地球。 回到地球，於「天照」計劃中回收的「波動核心」被裝進「大和」號，成為主要能源核心。古代等人均以遴選乘員身分受到召集。雖然他們估計受到召集是因為要啟動宇宙移民計畫「出雲計畫」（イズモ計画），但實際上發動的，卻是以前往異星人行星「伊斯坎達爾」接收汚染淨化系統 為目的的「大和計畫」（ヤマト計画）。 於地球拔錨的大和號，成功於太陽系內突破光速。帶著人類最後的一線希望，踏上了這場以一年為限的33萬6千光年的旅程，前往大麥哲倫銀河星球「伊斯坎達爾」。
