隨著夏亞·亞茲納布爾攻擊地球的計劃被郎德·貝爾隊阻止，新吉翁與聯邦間的戰火亦逐漸平息，但聯邦始終未能完全統一地球圈。聯邦軍方以新吉翁殘黨及新奧古聯軍叛亂等事件為由，使SIDE3的吉翁共和國放棄自治權，而宣布已完全消滅戰亂，從此將建立一個安定、和平的地球圈。
然而聯邦自身卻一天天持續著官僚主義及特權主義的墮落，甚至欲制訂法案，讓地球變成少數特權階級居住的場所。為了對付非法在地球居住的平民百姓，成立特殊警察「MENHUNTER」用武力強行驅逐或乾脆實行殺戮。
在這種局面下，一位聯邦軍的老將軍匿名為庫瓦克·薩爾瓦，建立起秘密反政府組織「馬法狄·納比尤·艾林」（由蘇丹、阿拉伯及古愛爾蘭語合成的名 字），針對聯邦高官展開了暗殺等一系列恐怖活動。聯邦軍內素有聲望的布萊德准將之子哈薩維·諾亞也秘密加入了這一組織，並擔任重要職務，最後成為實際領袖。
馬法提策劃在地球聯邦政府首腦會議時，暗殺所有的高官閣僚，以阻止聯邦軍制訂不平等的移民法案。哈薩威藉由自己是植物觀察官研究生的身份與諸多閣 僚搭乘特權階級的航天飛機回地球，並讓組織的夥伴佯攻航天飛機，然後與金伯利部隊新任司令肯尼斯上校聯手擊退馬法狄，獲取聯邦軍的信任並與肯尼斯結為好 友。參觀了金伯利部隊的基地及PENEROPE後，哈薩威躲過聯邦的監視，與夥伴們會合並取得預先藏好的Ξ鋼彈，駕駛它擊敗了來犯的PENEROPE。 　
數星期後，地球聯邦政府於香港召開首腦會議。馬法提在機場安置炸彈，卻因新人類少女琪琪·安塔露茜雅的提示，令金伯利部隊逃過這次毀滅性的打擊。 其後哈薩威代表馬法提向聯邦發表宣戰通告，在布下迷陣引開金伯利部隊注意的同時，駕駛Ξ鋼彈率領眾人攻擊會議場，造成大半的聯邦閣僚死亡。肯尼斯急中生智 轉移戰場，並布置下大量的光線結界，讓PENEROPE將Ξ-鋼彈引誘到結界中，用高壓電將哈薩威擊昏生擒，新的聯邦政府迅速地成立，接任的閣僚們一致認 為必須將馬法提處以極刑；肯尼斯為了好友哈薩威的尊嚴，要求聯邦高層不要將瑪法提的真實身分公諸於世並極力隱瞞布萊特，最後肯尼斯由接下了指揮槍決哈薩威 的任務。