東京都內的高中生渡瀨青葉，在西元2014年夏休結束後的開學典禮那天，突然被不明正體的巨大機器人襲擊追擊。機器人的駕駛員對青葉表現出異常的執著心，一邊不斷攻擊他。青葉拼命逃跑時，同班同學弓原雛騎著摩托車出現，引導他前往某個地方。在那裡，雛啟動了另一台神秘的巨大機器人，並與攻擊者展開戰鬥。然而，敵機的駕駛員最終自爆，光芒將青葉捲入其中。雛在光中告訴青葉「迪奧在等著你」這句意味深長的話後，青葉失去意識。
當青葉醒來時，雛已不見蹤影，他發現自己駕駛在「LUXON」的駕駛艙內。周圍正在進行激烈的戰鬥，自由條約聯合軍的最新戰艦「西格納斯」探測到了LUXON的「完美耦合」反應。青葉接收到與LUXON同型機「BRADYON」的駕駛員的通訊，驚訝地發現該駕駛員正是雛提到的隼鷹·迪奧·韋恩伯格。事實證明雛所言非虛，青葉從西元2014年穿越到了74年後的未來，即西元2088年。在這個世界裡，「自由條約聯合」和「大佐基利亞共和國」兩大國家正處於戰爭狀態。
青葉被安置在擁有LUXON的聯合軍航空艦「Cygnus」上，並在一次偶然的出擊中發現了自稱為雛·利亞贊的雛的身影。然而，作為佐基利亞士兵的她向青葉舉起了槍，兩人再次不明所以地分離。之後，青葉回到曾經住家和上學的地方，追憶過去的時光，因為找不到返回過去的方法，他決心成為LUXON的專任駕駛員，並希望與雛見面了解真相。
在不斷的戰鬥中，青葉和雛的機體雙雙墜落到一個無人島上。他們在遭遇暴風雨並艱難求生後再次分離，但雛對青葉的個性以及他提到的那位少女雛產生了好奇。
