C.E.73年，由於「尤尼烏斯7號墜落事件」，尤尼烏斯七號的碎片突破大氣圈，降落在地球的眾多城市中，造成毀滅性的損害。利用這次混亂，恐怖分子在地球各地爆發，聯合軍不斷應對。與此同時，D.S.S.D的セレーネ・マクグリフ領導下，開發了星際探索用的機動戰士（MS）「Stargazer」，並將其發射進入太空。
在同一時期，地球聯合軍的新型驅動計算機開發基地遭到MS部隊襲擊。幻痛的ホアキン小隊派遣スウェン・カル・バヤン的「Strike Noir」、ミューディー・ホルクロフト的「Blu Duel」、シャムス・コーザ的「Verde Buster」前去平定局勢。隨後，他們從恐怖分子的情報中得知，不論是難民或調整者，都成為攻擊對象。幻影之痛不斷轉戰，負責護送到柏林的毀滅行動中，ホアキン小隊對抗了札夫特的襲擊，但在此過程中，ミューディー不幸喪生。舞台背後，D.S.S.D成功測試了「Stargazer」及其推進裝置「光之飛翔者」。
隨著ロード・ジブリール的逃亡，幻痛處於困境中，決定襲擊D.S.S.D，試圖奪取Stargazer上的自動操控人工智慧。儘管D.S.S.D採取措施反擊，但面對Strike Noir和Verde Buster，他們幾乎束手無策。然而，當裝備了有人駕駛設備的Stargazer參戰時，與Strike Noir交戰，並利用「光之飛翔者」的功能壓倒對手。與此同時，Verde Buster因戰場上能量耗盡而停擺，最終被Blu Duel擊敗。
塞琳搭乘Stargazer捉住了Strike Noir，並利用D.S.S.D的特洛伊站基地的衛星「阿波羅A」的推進光束實施強力的光束推進，帶著敵人的MS一同飛離到金星區。此外，阿波羅A發射推進光束，摧毀了幻痛的母艦ナナバルク。在加速過程中失去知覺的スウェン和セレーネ在金星區醒來，一同搭乘Stargazer返回地球區。為節約機體內的氧氣，スウェン進入冷凍休眠，同時在其中回憶起自己的童年和戰友們。