Part I / Part II
因為長年戰爭導致地球環境嚴重破壞，最終瀕臨滅亡，人類被迫離開地球，展開漫長的宇宙漂流。整整五百年以來，人類一直生活在一座巨大的太空船都市之中，而整座都市由名為「巴哈姆」的超級電腦系統全面管理。
為了避免人類重蹈覆轍，巴哈姆刻意隱瞞真相，讓人類活在模擬二十世紀的虛擬世界中，過著自以為平凡的生活。
故事主角——飆車族少年矢作省吾，從不關心社會與世界大勢，整天與朋友們飆車玩樂，過著渾渾噩噩的日子。直到某天，一位舊友將一台神秘超級機車「格蘭度」託付給他。
這台格蘭度不僅性能驚人，更隱藏著足以撼動整個世界的重大秘密。隨著探索的展開，省吾發現自己所處的世界竟然只是巨大太空船內的虛擬空間，而所有的一切，竟然都受到巴哈姆的控制……
Part III
人類在歷經漫長歲月後，重新回到地球，並在地球上建立起名為「伊甸」的巨大都市。此時的人類社會，所有城市的發展與運作，皆受到一套名為「System」的龐大網路系統所全面管理與控制。
故事主角——高中英二，是一名擁有強大駭客能力的青年，因而被選入菁英部隊「E=X」，成為對抗破壞網路秩序與安全的敵對勢力的重要成員。
就在英二投身戰鬥的同時，過去的存在——時祭伊芙，再度現身，並向英二發出了神秘的呼喚……
一場圍繞著人類、科技、網路與命運交織而成的全新篇章，就此展開。
