基因調整後擁有卓越能力的人類，被稱為「調整者」，以及沒有基因調整的人類，稱為「自然人」，之間爆發了一場戰爭，已經過去了11個月。在這場升級的戰爭中，機械需求超過供應，回收再利用變得愈發重要，因此「拾荒者聯盟」的規模不斷擴大。雙方陣營都需要傭兵來執行一次性或危險的任務，傭兵部隊也不斷擴大。
中立殖民地海利歐波里斯（ヘリオポリス）。在那裡，地球聯邦的機動戰士（MS）正在進行極秘的開發，但札夫特（ZAFT）知道後奪走了其中的4架。在這次戰鬥中，殖民地崩塌了。幾個小時後，拾荒者聯盟的羅和他的成員們前來尋找珍品，他們發現了紅色和藍色的MS，以及金色的手臂。然而，正當他們為這個驚人的發現歡欣鼓舞時，傭兵部隊「蛇尾」的叢雲劾，一名被委託消滅MS目擊者的專業傭兵，現身。面對這位職業傭兵，羅等人無計可施，但當劾得知委託人背叛他們時，他使用藍色的MS，與羅合作逃離現場。
於是，由羅的紅色MS「異端鋼彈紅色機」，劾的藍色MS「異端鋼彈藍色機」，以及金色MS「異端鋼彈金色機」組成的三部MS的故事就此展開。
