這是一個美蘇兩個超級大國仍然在明爭暗鬥的時代，分成東西兩大陣營的人類雖然沒有進行大規模的軍事行動，但是在不為人知的背後世界里，各國的情報人員正進行著殘酷異常的間諜戰。相良宗介中士是神秘的國際組織Mithril特殊部隊成員，專門在世界各地即將發生戰爭或武裝沖突的地區從事組織下達的秘密任務，化解危機。這一次宗介接到了一個在日本當地的任務，要他化裝成高中生潛入都立陣代高校，去保護一位16歲的女高中生千鳥要。這位藍發少女似乎和普通的女高中生沒有什麼兩樣，但卻成為各國間諜秘密爭奪的目標。為了保護千鳥，宗介駕駛機動戰士“Arm Slave”與其他神秘組織對峙。使得都立陣代高校成了一塊危險之地，校內隨時發生瘋狂的機槍掃射及山崩地裂的爆炸事件...