與電視版第14使徒戰不同，初號機在第10使徒戰中的覺醒是由真嗣強大的意志引起的，他希望拯救被使徒吞噬的零的心願。根據律子的解釋，初號機正在變成「EVA的本來樣子」、「接近超越人類的神聖存在」、「能量的凝聚體」。外觀上，黃綠色的部分被染成紅色，出現了使徒的光環。它不僅在防禦方面擁有極強的A.T.場，還可以用於攻擊和左臂再生，從眼睛中發出光線。
與電視版第14使徒戰不同，初號機在第10使徒戰中的覺醒是由真嗣強大的意志引起的，他希望拯救被使徒吞噬的零的心願。根據律子的解釋，初號機正在變成「EVA的本來樣子」、「接近超越人類的神聖存在」、「能量的凝聚體」。外觀上，黃綠色的部分被染成紅色，出現了使徒的光環。它不僅在防禦方面擁有極強的A.T.場，還可以用於攻擊和左臂再生，從眼睛中發出光線。
世上第一台為實戰而製造的EVA，也是第一架不需外部指令就能由駕駛員從EVA外部自行啟動的EVA（此處的駕駛員是指渚薰，其使徒的靈魂能夠和複製自第一使徒、並且封閉了內心的EVA二號機產生共鳴）。 外表塗裝為紅色，機體結構與零號機（改）相當類似，但血液顏色是紫色（新劇場版為紅色），眼睛數目為四顆。
由使徒渚薰駕駛，SEELE稱之為「真正的EVA」，冬月耕造則稱Mark.06為「真正的神」，外裝與初號機有少許接近，頭上有角及光環，塗裝為藍色，眼睛由紅色V字型眼罩遮蓋，底下的眼睛也和初號機相似。在「序」「破」的預告中稱為EVA6號機，但劇中均以Mark.06稱之。具有與初號機覺醒後相同的光環，還有著飛行能力。
Mark.06由SEELE在月球基地建造，似乎是把月球上戴著近似七目耶和華之眼（即TV版的莉莉絲面具）的白色巨人安裝EVA的外裝打造而成。
《福音戰士新劇場版：破》終盤，渚薰駕駛Mark.06自空中投出卡西烏斯之槍擊穿初號機中止擬似第三次衝擊。
在《福音戰士新劇場版：Q》中，是以被加持阻止的第三次衝擊時的狀態出現，Mark.06與莉莉絲的無頭身體融合，兩把長槍貫穿身體，根據渚薰的說法，當時已經改造為遠端操作型。
13號機拔出兩支朗基努斯之槍後，莉莉絲的頭顱和身體爆炸，Mark.06恢復原貌，藏於體內的第12使徒甦醒；改2號機和8號機未能阻止Mark.09砍下Mark.06的頭部釋放第12使徒。之後13號機吞噬第12使徒，令第13號機變為疑似神化形態，從而引發第四次衝擊。
在最終作於美里關於第三次衝擊的回憶中登場，在第三次衝擊中下半身與斷頭後的莉莉絲融合，手拎斬下的莉莉絲斷頭。加持良治犧牲自身結束第三次衝擊後，Mark.06與莉莉絲融合的姿態停留於中央大垂直溝最深處。
肩部和脊椎上的限制器被移除後，機體的軀幹裝甲擴張至半覆蓋的狀態。根據律子的說法，這是一種「拋棄人性、專注於戰鬥的形態」，雖然身體能力顯著提升，但插入深度進入了污染區域，對駕駛員造成相當大的負擔。
在《福音戰士新劇場版:破》中登場。其面具變為紅色等細部配色與舊世紀版不同。在舊世紀版中，真嗣的好友鈴原冬二是駕駛員，但在新劇場版中，駕駛員變為明日香。機體被初號機的虛擬操縱系統（舊世紀版中為虛擬插入栓）撕成碎片。與舊世紀版中手握摧毀插入栓的描寫不同，新劇場版中改為被咬碎。
出現在《福音戰士新劇場版：破》中的機體。由真希波·真理·伊拉絲多莉亞斯駕駛。不過，在電影一開始時真希波提到「EVA臨時5號機，啟動」，可能表示EVA5號機的建造並未完成。 塗裝以綠色為主的5號機，上額及下顎部的裝甲部份呈錐狀突出，眼睛部份由V字形的黃色眼罩遮蓋。雙手方面，左手為錐矛狀的武器（類似中世紀時代歐洲騎士的長槍），而右手則是鉗子。腳部由四個用肢狀結構所連接的輪子組成，移動速度及靈活性比兩腳的EVA高。在電影中未能確認5號機有沒有核心，但已知道5號機的電力來源類似電車，雙肩有裝置連接到電纜上（從電影中可以見到因兩者摩擦而出現的火花）。 但於設定中的5號機，身體結構及拘束具與其他EVA接近，但雙手的武器皆是錐矛。塗裝為深啡色，而且電力來源似乎是臍帶電纜或內置電池。 5號機的操作方式不同於其他EVA。從真希波的駕駛過程中可以看見，5號機的視覺不是由駕駛倉提供，而是一個由駕駛員戴著，紅色的頭盔提供。另外，神經的連結方式是由六根綠色條狀物把駕駛員手腳和EVA連接，而在5號機的腳損毀的時候真希波並未感到痛楚，可以猜測5號機的腳部是機械結構。而駕駛服也不是以往的薄緊身裝，而是綠色，厚而緊的衣服。不過劇中有提到，為真希波而設的駕駛服在5號機戰鬥時並未送到，這件可能只是訓練用的駕駛服。後來於真希波用2號機戰鬥時已經更換了一件粉紅色的緊身駕駛服。而且真希波當時身處的可能只是駕駛倉之類的地方，並未用到魂之座。
在《破》中登場。這個使徒有多條足的球形軀幹（在設定圖中看起來被束縛具以二折方式固定），並生出類似骨狀的蛇或龍般的頸部和尾部，其上布滿了像血管一樣的紅色和藍色電纜或管道，頸部嵌有插入栓插槽，整體外觀呈現出與EVA相似的生物與機械混合的風格。其主要武器是從頭部發射的光線。
被發現時，它在永久凍土內處於休眠狀態。經過人類的解體調查後，被封印在NERV舊北極基地的貝塔尼亞基地。在加持的引導下，封印被解除並開始活動。隨後與真希波駕駛的EVA臨時五號機交戰，使用光環狀的能量鑽穿了貝塔尼亞基地地下隧道的頂部，試圖逃往地面上的阿卡龍區域。但最終被臨時五號機用簡易式朗基努斯之槍（仿製型）刺穿頸部固定，並用機械手捏碎口腔內的核心而被殲滅。該使徒的設計主要由鬼頭莫宏完成。
在《破》中登場。第八使徒的特性與電視版的第十使徒薩哈魁爾（サハクィエル）相同，都是從衛星軌道上向NERV本部墜落，但其A.T.力場強大到足以扭曲光線。從遠處看，它只是一個「有著眼睛圖案的黑色球體」。它不需要像電視版那樣切割身體來進行著陸修正，而是利用A.T.力場像安定翼一樣自動修正軌道。在A.T.力場的位相變化後，它的形態變得類似於電視版的第十二使徒Leliel，呈現出帶有迷幻色彩的巨大球體，甚至從衛星軌道上也能清楚地看到這個球體。這個球體像花瓣一樣展開，露出其真實形態（類似於電視版的薩哈魁爾，但帶有同心圓的彩色，並且長出了無數人形的羽毛狀結構）。
在墜落地點，最先到達的初號機試圖攔截，但使徒的核心從球體的中心部位現身並與初號機對峙。隨即使徒將其手臂變形成巨大長矛，貫穿了初號機的雙手掌，試圖擊退初號機。使徒還能高速移動其核心，躲過了隨後到達的2號機的攻擊。然而，最終零號機趕到，抓住了使徒的核心並限制了其動作，2號機利用進化刀刺穿其核心，並以最後一擊的膝撞將核心徹底摧毀，使徒最終形象崩壞。由於其巨大的體積，形象崩壞後流出的血液如海嘯般洶湧，對第三新東京市造成了不小的損害。
基本形狀和能力與電視版的第13使徒巴迪爾（バルディエル）相同，屬於「侵蝕類型」。但與電視版不同的是，其核心不是呈現粘菌狀，而是與插入栓融為一體。電視版中，分析模式被判別為橙色，但在新劇場版中，與其他使徒一樣被判別為藍色。
在《破》中，當明日香作為測試駕駛員進行啟動實驗時，第3號機被使徒侵蝕並控制，隨後向第三新東京市進攻。第3號機的插入深度進入危險區域，並且插入栓部分被阿米巴狀的形成物包裹，無法接收彈射信號。與初號機交戰時，因雙臂被封鎖，它從肩部武器架部分長出新的手臂試圖侵蝕初號機，但被由虛擬操縱系統控制的初號機摧毀。第3號機連同插入栓一起被咬碎並殲滅（此時出現彩虹，但沒有十字）。
明日香作為測試駕駛員幸存，但由於擔心她受到使徒的精神污染，被進行隔離（關於肉體損傷情況不明）。
在《シン・エヴァ》中，揭示了使徒被封印在明日香的左眼內。為了使第13號機失去能力，明日香自行解除封印，並在ヴンダー中被識別為「模式藍，第9使徒」。最終，新2號機α連同插入栓一起被第13號機咬碎（此時出現十字）。
在《破》中登場。第十使徒的頭部設計與電視版的第十四使徒塞路爾（ゼルエル）相似，但整體形狀發生了巨大變化，尺寸也更大。它的軀幹由帶狀物構成，可以自由變形。初始形態沒有手腳，但變形後帶狀組織會展開，形成大量鰭狀結構。冬月稱其為「最強的拒絕型使徒」，它能以頭部發射的光線一擊穿透第三新東京市和NERV本部之間的24層裝甲板，顯示出強大的攻擊力。它的A.T.力場不僅是一層，而是可以多層重疊，既能形成巨大的防禦力場，也能在近距離內展開多層小型力場。此外，它還能向敵人連續展開這些力場，將其吹飛。在DVD和Blu-ray版本中，還增加了使徒向真希波駕駛的2號機投擲A.T.力場塊的場景。在近戰攻擊中，它會將最長的一對鰭狀物束成圓柱狀，作為粗大而鋒利的觸手進行攻擊。
在與啟動「The Beast」指令進入獸化第二形態的2號機和使用N2導彈的零號機交戰中，使徒輕易擊退了它們。隨後，它捕食了駕駛零號機的綾波，並與其融合，使軀幹變成白色裸體女性的形態。識別模式也模仿成零號機的，使其在到達NERV本部最深處 (L-EEE) 時，自動啟動的設施自爆功能失效。它破壞NERV本部地上部分後降下至中央教條，進入指揮室。當它即將向眼前的美里等人發射光線時，被真嗣駕駛的初號機阻止並推回到籠中。雖然使徒用光線摧毀了初號機的左臂，但被真嗣的猛攻逼退到地底都市。在被初號機壓制並幾乎被撕裂鰭狀物時，因初號機內部電源耗盡而活動停止，使徒立刻貫穿了初號機。然而，在真嗣強烈意志下重新啟動的初號機壓倒了使徒，並在救出被吸收的綾波時摧毀了使徒的核心，使徒最終形象崩壞，其液態組織圍繞零號機的核心形成綾波的形象並被初號機吸收。
