日野洋治とミツヒロによって開発された新型ファフナー。暴走時のリスクを考慮し、ノートゥング・モデルの3倍量の自爆装置フェンリルが搭載されている。建造時のカラーは緑がかった白で、後にミョルニアの手により真壁一騎へ託される。
初期段階では、背部に翼状のアンカーユニット(同化ケーブル)とホーミングレーザー発振器が装備されていたが、コアの単独再生(いわゆるザルヴァートル化)によってこれらの装備は消失し、機体の外観はよりシンプルでスリムなものへと変化。以降はフェストゥムの同化に対する高い耐性、自己修復機能、さらには武器を同化することでそのエネルギーを大幅に増幅し、それに耐えうる構造への強化が可能となった。機体表面は光沢のある銀白色に変化している。
戦闘では、主に手にした武器を同化してその威力を飛躍的に高めるスタイルを取る。このとき、武器を握る手首が結晶化する描写が見られる。
プレアデス型との交戦後は、同化したルガーランスによる二刀流での戦闘を主としている。
従来のファフナー(ノートゥングモデル)が「違う自分になる」ことで操縦可能だったのに対し、本機では「違うモノになる」ことで初めて同化機能を活用できる。たとえば「腕が銃になる感覚を受け入れられるか」といった、存在そのものが変質するような認識を受け入れる必要がある。
一期第18話の遠見真矢に関する査問委員会以降、「蒼穹作戦」前までの間、マークザインの能力は大幅に制限されることとなる。
機体名の「ザイン(Sein)」はドイツ語で英語の “be”(~である)に相当し、「存在」を意味している。『EXODUS』ではその綴りが独語と同様であることが確認されているが、公式資料の一部では「MARK.ZEIN」と表記されている例もある。