機体構造は通常の「第3世代」の設計を踏襲しているが、換装ユニット「アジャイル・スラスタ」によって、世界的な基準でどのASにも当てはまらないコンセプトの機体となっている。また、換装する事で本体はそのままに機体性能がガラリと変わり、多目的に使用する事が出来る仕様となっている。アジャイル・スラスタによる極めてイレギュラーな機動を可能とするため、高出力のパラジウムリアクターとコンデンサを搭載し、高負荷に耐えるために高いフレーム剛性も備えている。それと引き換えに換装ユニット抜きでの本体重量と運動性は他の第3世代ASと比べてイマイチであり、本体のみの運動性ではZy-99Mシャドウに劣り、装甲防御力では第2世代の96式改の方が優れている。
第3世代AS Zy-98シャドウの量産型がZy-99 シャドウである。Zy-98から生産性と整備性を考慮し、細かな設計の見直しが行われている。性能その物はZy-98とほぼ変わらないが外装のデザインが変更されている。『フルメタル・パニック!アナザー』1巻に登場したZy-99M シャドウはロシア共和国がインド、中東、アフリカなどに向け多数輸出された輸出モデルである。このM型は政治的な理由でZy-99から性能がダウングレードされている（モンキーモデル）。高出力のOL-3パラジウムリアクターを搭載したZy-99と比べ、Zy-99Mは出力で劣るOL-4パラジウムリアクターを搭載しており、駆動系や制御系も比較的安価なパーツで構成されている。センサや電子系も変更されており、Zy-99Mの頭部デザインはオリジナルのシャドウのデザインと大きく異なっている。
また、旧東側の軍事メーカーはZy-99M用のアップグレードパーツを販売しており、多種多様なタイプが世界中で運用されている。D.O.M.Sの保有するアグレッサー機として登場する。センサーや装甲のレイアウトに若干の変更があり、特に頭部の形状が大幅に異なる。本来のZy-99Mは、政治的理由からダウングレードが施されたモンキーモデルではあるが、D.O.M.Sは独自に改造を施し、本来の性能に相当するものを持たせているが、対外的な理由から通常はリミッターをかけることでその事実を秘匿している。