ミスリルとアマルガムの戦いから12年後、陣代高校に通う市之瀬達哉は、家業である土建屋「市ノ瀬建設」の手伝いで訪れた新潟県において、暴走する自衛隊のAS「96式改」と、民間軍事会社 D.O.M.S.のAS「シャドウ」の戦いに巻き込まれる。もともと彼はAS操縦の経験はなかったものの、ASの技術を民間転用したPSを操縦していた経験を活かし、負傷したシャドウの操縦者アデリーナの代わりにシャドウを操縦して96式改を止める。
達哉の活躍を知ったD.O.M.S.社長のメリッサ・マオは、達哉を自社の研修生としてスカウトする。自身の進路に悩んでいたことと、実家の借金返済を助けるためという2つの理由もあり、達哉はスカウトを承諾し、アメリカで本格的なAS操縦者としての訓練を受ける。当初は「実戦には関わらない」という名目で活動していたD.O.M.S.だが、自衛隊の試作AS「ブレイズ・レイヴン」を巡る策謀、派遣先の国々の政情不安なども相まって、新人の達哉も否応なく実戦に駆り出されることになる。
祖国・ラシッド王国のために重責を背負って戦うユースフ、そしてテロリストである姉弟 三条菊乃・三条旭など、自分とは違う世界を歩んできた同年代の少年少女たちや、様々な兵士たちとの出会いを通じて、達哉はこれまで想像もしなかった世界とその現実を知る。
このうち、マランパ共和国では初めての戦争を経験し、戦争とそこで生きる人々の過酷な現状を知る。その後、バリク王国でASが生身の兵士を虐殺している所を目撃した事で、達哉は自分のAS乗りとしての才能、すなわち「人を容易に殺せる才能」について思い悩む。同時期にD.O.M.S.がステファンたちに乗っ取られて就職も立ち消えになったことから、実家に戻ってごく普通の生き方をしようと志すが、戦場に慣れ過ぎたために平和な日常に対する違和感を拭いきれずにいた。そんな時にアデリーナから、ジオトロン・エレクトロニクス社に奪われたAS-1の奪取作戦に誘われ「君が必要だ」という言葉を受け、迷いを捨ててAS乗りとして生きることを改めて決意する。
その矢先、ジオトロン・エレクトロニクス社の会長に就任したロバート・モーガンは、配下のダリル・クラークをつかって爆破テロを起こす。これにマオが巻き込まれ意識不明の重体に陥ったところで、彼らはD.O.M.S.を乗っ取る。
