C.E.70年，由於「血腥情人節」的慘劇，地球聯合與P.L.A.N.T.爆發了全面的武裝衝突。在這場戰爭中，真·飛鳥家族被捲入大西洋聯邦對歐普的侵攻，撤離途中受到流彈波及，其雙親和胞妹葬身在自己眼前。緊握著唯一的遺物‧妹妹的行動電話，抬頭望著呼嘯飛去的自由鋼彈，真對於戰爭的憎惡以及自身的無力發出悲痛欲絕的嘶吼，失意的他隨後被遣送P.L.A.N.T.。 為時一年半的戰爭直至第二次雅金·杜威攻防戰落幕，雙方締結「尤尼烏斯條約」後方才平息；然而，一紙停戰條約並無法消除自然人與調整者之間紛爭的火種。停戰後兩年，C.E.73年10月2日。為了和P.L.A.N.T.最高評議會議長吉伯特·杜蘭朵的非正式會談，以及Z.A.F.T.新造艦智慧女神號的下水儀式，歐普聯合首長國代表首長卡嘉莉·由拉·阿斯哈與其護衛阿斯蘭·薩拉一行參訪P.L.A.N.T.位於L7的資源衛星殖民地。然而突如其來地，Z.A.F.T.位於軍械庫一號的新型MS三機遭身分不明者強奪，周圍陷入一片混亂。最後從天而降阻止這一切的是一台全新的鋼彈，其駕駛員見到陷入火海的四周，憤怒地大喊：「又想要挑起戰爭了嗎!?你們這些人!!」他正是成為了Z.A.F.T.戰士的真·飛鳥……！