有一天，作為普通學生過著平凡生活的青年雷夫（レイヴ），突然接到了來自吠陀（ヴェーダ）的指令：「集結六名夥伴」，同時也得知自己並非人類，而是變革者（イノベイド）。在作為醫師，同時也是「覺醒夥伴之人」的創制者特莉希拉（テリシラ）的陪同下，雷夫踏上了尋找夥伴的旅程。而這段旅程，也與曾經在歷史暗處活躍的人們產生了密切的聯繫。
包括早已被認為死亡的創制者比賽德・潘恩（ビサイド・ペイン）、視雷夫為仇敵比賽德並追擊他的希克薩（ヒクサー）、負責天人（CB）後方支援的舊天使（フェレシュテ）成員，以及被稱為人類史上最大規模恐怖攻擊事件的主謀者馮（フォン）等人。
與這些人之間的交錯，使得雷夫等人逐步了解了「六名夥伴」的真正目的，以及在世界暗中蠢動的勢力的野心。
