有一天,作為普通學生過著平凡生活的青年雷夫(レイヴ),突然接到了來自吠陀(ヴェーダ)的指令:「集結六名夥伴」,同時也得知自己並非人類,而是變革者(イノベイド)。在作為醫師,同時也是「覺醒夥伴之人」的創制者特莉希拉(テリシラ)的陪同下,雷夫踏上了尋找夥伴的旅程。而這段旅程,也與曾經在歷史暗處活躍的人們產生了密切的聯繫。
包括早已被認為死亡的創制者比賽德・潘恩(ビサイド・ペイン)、視雷夫為仇敵比賽德並追擊他的希克薩(ヒクサー)、負責天人(CB)後方支援的舊天使(フェレシュテ)成員,以及被稱為人類史上最大規模恐怖攻擊事件的主謀者馮(フォン)等人。
與這些人之間的交錯,使得雷夫等人逐步了解了「六名夥伴」的真正目的,以及在世界暗中蠢動的勢力的野心。