故事回溯至本篇開始的15年前——西元2292年，正值「太陽能發電紛爭」期間。當時，世人尚不知曉天人（ソレスタルビーイング，Celestial Being，簡稱CB）之存在。在這樣的時代裡，被選為第二世代鋼彈駕駛員（ガンダムマイスター）的夏爾（シャル）、874、路易德（ルイード）與瑪蕾涅（マレーネ），肩負著開發並測試象徵CB理念的機體「鋼彈」的任務。
隨著第二世代鋼彈的多次測試與逐步投入實戰，他們一邊克服各種困難，一邊直面「消弭紛爭的理想」與「奪取他人性命的事實」之間的矛盾，心中皆產生了深刻的煩惱與掙扎。
後來，機械工程師伊恩（イアン）與醫生莫雷諾（モレノ）加入，使小隊體制更加完善。隨著實戰測試的持續進行，夥伴們內心的痛苦也逐漸昇華為堅定的信念。而原本就彼此關心的路易德與瑪蕾涅，也終於結為連理，並於西元2293年誕下了女兒菲露特（フェルト）。
正當一切看似順利之際，一場針對軌道電梯的恐怖攻擊事件爆發。眾人為了阻止該事件而出擊，但此時夏爾所駕駛的審判女神鋼彈（ガンダムプルトーネ）卻突然發生故障，並波及到路易德與瑪蕾涅，引發爆炸。雖然夏爾在兩人的幫助下僥倖生還，但路易德與瑪蕾涅卻永遠離開了人世，只留下了年幼的菲露特。
