ファーストシーズン
本編から遡ること15年前、「太陽光発電紛争」のさなかにあった西暦2292年。まだ人々がソレスタルビーイング（CB）の存在を知らなかったこの時代、第2世代ガンダムマイスターに選ばれたシャル、874、ルイード、マレーネは、CBの象徴であるモビルスーツ「ガンダム」の開発およびテストに携わっていた。数々のトラブルを乗り越えながら実戦投入も経験し、紛争根絶という理想と、人命を奪うという現実の狭間で、彼らは深い葛藤に苦しむことになる。
その後、新たにメカニックのイアンと医師のモレノが加わり、新体制のもとで実戦テストを重ねる中、それぞれが抱えていた苦悩は次第に決意へと変わっていった。そして、互いに惹かれ合っていたルイードとマレーネは結婚し、西暦2293年には娘フェルトを授かることとなる。
すべてが順調に進んでいるように思われたある日、軌道エレベーターを狙ったテロが発生。阻止のため出撃するが、シャルの搭乗するガンダムプルトーネが突如として不具合を起こし、ルイードとマレーネを巻き込んで爆発。シャルは間一髪で救われたものの、二人は命を落とし、フェルトだけが残された。
セカンドシーズン
「プルトーネの悲劇」から7年後、西暦2302年。心身ともに深い傷を負ったシャルはマイスターを退き、新たにヒクサーとグラーベがマイスターとして加わる。そして、本格的な武力介入に向け、ガンダムラジエルを用いたデータ収集が開始された。
ラジエルのマイスターであるグラーベを中心に、第3世代機のテストや新マイスター候補の勧誘など、活動に向けた準備が着実に進められていた。しかしその一方で、CBの存在を察知する者や、ガンダムの秘密を探ろうとする者たちも徐々に現れ始める。
さらに、CB内部でも予想外の異常事態が発生する。突如として第3世代機・エクシアのマイスター候補に浮上した少年ソラン・イブラヒムや、ヴァーチェの実戦テスト中にヒクサーが負傷する事件など。その背後には、CB内部に潜む「敵」の影があった。
