太陽的戰神機
在雷龍劍與嵐虎劍的戰鬥結束四年後，一種據說每隔一千年才會發生一次的太陽異常膨脹現象——「日冕爆發（コロナ・ノバ）」，讓地球化為一片灼熱地獄。
超越之龍SR（スペリオルドラゴンSR）獨自前往太陽，以自身生命為代價淨化了日冕爆發。剩餘的力量，化為「黃金魂（ゴールドスピリット）」，如金色極光降臨於世間，並託付給了十名「被選中的人（選ばれし者）」。
在地上與怪物奮戰、守護人民的勒克羅亞王國（ラクロア王国）騎士多門（ドモン）和閃光鋼彈（シャインガンダム）成為其中之一，接受了黃金魂及其象徵「聖隕石（ホーリーメテオ）」的力量。
數個月後，由於超越之龍（スペリオルドラゴン）的消失，魔龍機（魔龍機デビルドラグーン）率領的毀滅族（デスペリオル族）出現，並企圖消滅所有被選中的人，攻擊了勒克羅亞王國。多蒙、閃光，以及武鬥家龍鋼彈（ドラゴン）與賽采之（サイサイ），分別透過黃金魂的力量，合體為戰神機‧紅心王（キングオブハート）與龍神機‧梅花王牌（クラブオンエース），展開反擊。
被選中的人們
光輝等人繼續尋找剩餘的「被選中的人（選ばれし者）」，途中來到了遭到毀滅族襲擊的米利提亞王國（ミリティア王国），並遇見了新的被選者——鬥士巨星（マックス）與劍士薔薇（ローズ）。然而，多蒙與閃光仍無法默契十足，因此無法完全發揮戰神機（戦神機）的力量。
在戰鬥中，法術士史畢格（シュピーゲル）引導兩人前往修行之地，讓他們為了實現真正的合體，挑戰各自的影子。
另一方面，其他被選中的人前往魔龍機的根據地澤克特城（ゼクト城），但最後一名被選者——重戰士雷霆（ボルト）卻被毀滅族操控，阻擋在他們面前。
洗牌的勇者們
完成真正合體的多蒙與閃光，以及找回內心的雷霆，所有的被選中者終於齊聚一堂。雖然成功擊敗了魔龍機，但一行人發現了毀滅族真正的統治者——暗黑卿‧宗師鋼彈（マスターガンダム）的陰謀，並立即趕回勒克羅亞。然而，宗師鋼彈在機兵之谷（機兵の谷）復活了暴龍‧凱薩飛龍（暴竜カイザーワイバーン），並聯合其手下三魔卿，徹底壓制了被選中的人們。
就在危急關頭，洗牌騎士團（シャッフル騎士団）出現在戰場，拯救了眾人。
閃光的黃金神
多蒙與暴龍合為一體後成功擊退霸王鋼彈，但暗黑神‧超越惡魔（デビルスペリオル）隨即甦醒，並開始吸取史達德亞世界（スダ・ドアカ・ワールド）的生命能量。為了阻止這一切，被選中的人們合體為太陽騎士‧神鋼彈（太陽騎士ゴッドガンダム），展開最後的決戰。
