因為名為歐力哈魯特（オリハルト）的特殊礦石被發現，這個世界迎來了技術革新的時代，人類的文明因此獲得了飛躍性的進步。人類的居住範圍突破了太陽系，遍布宇宙各地。此外，一種可將人類意識轉移到機體內進行操縱的i-Machine（Iマシン）被開發出來，無論是在民用還是軍事領域，都得到了廣泛應用。
某一天，行星聯盟學園（惑星連盟アカデミー）的學生三栗·麻耶（ミクリ・マヤ）前往天鵝座阿爾比雷奧雙星（白鳥座アルビレオ二重連星）進行實習，參與利用i-Machine進行的歐力哈魯特採掘作業。不料，她卻因事故被捲入危機，不僅如此，還被教授們拋棄，孤身一人被留在了現場。就在這時，自稱為埃斯卡維特公司（エスカベイト社）的民間採礦業者出現，將三栗救上了他們的母艦斯圖爾蒂號（ストゥルティー号），使她逃過一劫。然而，三栗驚訝地發現，自己竟然因涉嫌非法交易而被通緝。在無可奈何的情況下，她接受了埃斯卡維特公司社長格雷曼（グレイマン）的邀請，成為了公司的一員，開始在採礦隊工作。
隨後，埃斯卡維特公司在採掘的歐力哈魯特中發現了一名神秘少女——愛麗絲（アリス）。然而，愛麗絲似乎成為某些人追殺的目標。在保護愛麗絲並穿梭於宇宙的過程中，沒有肉體、僅以意識永續轉移技術（エバートランサー）存在的成員伊度（イド）的記憶逐漸被揭示，圍繞著愛麗絲與伊度的真相也逐步浮現。
