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某天,正在訪問白鳥座アルビレオ雙星的惑星連盟學院學生ミクリ・マヤ,在使用i-Machine進行歐力哈魯特採礦作業時遭遇事故,不僅被捲入其中,還被教授們遺棄,獨自留下。不久後,一家名為「埃斯卡維特社」的歐力哈魯特民間採礦業者出現在現場,マヤ被他們救援到他們的母艦「ストゥルティー号」,僥倖生還。然而,她得知自己因涉嫌非法交易而被通緝,無奈之下接受了社長グレイマン的邀請,開始在埃斯卡維特工作。
之後,埃斯卡維特社採掘出的歐力哈魯特中出現了一個神秘的少女アリス。在保護被人狙擊的她的過程中,一邊穿梭於宇宙,一邊逐漸揭開了身為團隊成員之一,卻無實體存在的永恆轉化體(エバートランサー)・イド的記憶。