在《驚爆危機》系列中的故事背景發生在秘銀和汞合金之間的戰鬥結束後的12年，主角市之瀬達哉就讀於陣代高校。某天，他因為幫忙家族的土建公司「市之瀬建設」而來到新潟縣，卻意外捲入了一場自衛隊的AS（機動裝甲）「96式改」暴走事件，以及民間軍事公司D.O.M.S.的AS「Shadow」之間的戰鬥。
儘管達哉並無操作AS的經驗，但他過去駕駛過將AS技術民間轉用的PS，因此能夠駕馭複雜的機械。在這次事件中，他成功替受傷的「Shadow」駕駛員雅德莉娜操縱機體，並阻止了96式改的暴走行動。
達哉的這次英勇表現引起了D.O.M.S.公司社長梅莉莎·毛的注意，毛決定招募達哉成為公司的研修生。達哉因為對未來感到迷茫，同時也希望幫助家裡償還債務，於是接受了這個邀請，前往美國接受正式的AS駕駛員訓練。
起初，D.O.M.S.公司名義上只是進行非戰鬥任務，然而隨著自衛隊試作AS「烈焰渡鴉」所引發的陰謀逐漸浮現，再加上受派國家的政治不穩等因素，讓新手達哉被迫參與了多場實戰。
在這段過程中，達哉遇見了許多不同背景的同齡人，如為祖國拉希德王國背負重任而戰的約瑟夫，以及恐怖分子三條菊乃和三條旭等姊弟，透過這些相遇，達哉逐漸了解自己無法想像的世界和殘酷的現實。
