人類が故郷の星を追われてから、気の遠くなるくらいの年月が流れた。
新たな定住の地を探し求め、ようやく辿り着いた「約束の地」。
そこは、珊瑚と同じ形質を持つ地表が広がり、大気中にこれまで人類が感知したことのない「トラパー」と呼ばれる粒子が含まれる荒涼とした場所であった。人は、そこで生きるために大地を開拓し、「トラパー」を最大限に利用するため巨大な塔を建設した。塔下には都市ができ、各塔を取りまとめる形で、統一政府「塔州連邦」は建国されたのであった。
…それから、数世紀の時が流れた。
建設の熱狂もとうに醒め、過去に栄華を極めた基幹産業も廃れて不況に揺れる世界。
塔の街「ベルフォレスト」で、祖父と二人暮らしをしているレントンは、自分の置かれている状況に不満を持っていた。メカニック業を営む祖父のもと、選択肢のない決められた将来。それに、レントンの父は、かつてこの地に大災害をもたらした「サマー・オブ・ラブ」を、自らの命と引き換えに止めた英雄アドロック。彼の息子であるというしがらみも、レントンの気持ちを重たくさせるのだった。
レントンにとってのヒーローは、父親ではなく、カリスマリフライダーのホランドだった。いつかはホランドのように、自由にかっこ良くリフをして、世界中の空を飛び回りたいと夢見ていた。
いつか、自分にも波が来る。そう信じて―。
そんなある日、レントンに転機が訪れる。突如、見たこともないＬＦＯ（特殊人型重機）ニルヴァーシュが、目の前に現れたのだ。機体から現れたのは美少女エウレカ。彼女は調子が悪いニルヴァーシュの整備を頼みに、レントンの祖父サーストンのもとへやって来たのだった。そんな彼女に、一目ぼれしてしまうレントン。
そこに、エウレカとニルヴァーシュを追って、塔州連邦軍のＫＬＦ（軍専用ＬＦＯ）部隊が現れる。エウレカを守るため、駆け出すレントン。祖父が隠し持っていた父の形見である“アミタドライブ”と呼ばれる不思議な機械を、必死の思いでニルヴァーシュに装着。すると、ニルヴァーシュは強大な力を発揮するのだった。
「一緒に行こう」エウレカは、レントンを誘う。彼女は、憧れのホランド率いる空賊「ゲッコーステイト」のメンバーだったのだ。そして、レントンはホランドから父親の話を聞かされる。
真実を、そして世界を知るために。レントンはゲッコーステイトとともに、旅立つことを決意するのだった。
