創聖のアクエリオン

かつて人類と堕天翅族との間で争われた大戦。“殺戮の天翅”として人類から恐れられていたアポロニアスは、人間の戦士セリアンとの恋に落ち、堕天翅族を裏切り人類の側についた。囚われの身となったアポロニアスは、かつて婚約者だった頭翅の目の前で自らの翅を引き千切り、彼を救出するため侵入していたセリアンを庇った。

大戦が神話となってから1万2千年後、地球環境の大変動により復活した堕天翅族は再び人類の敵として立ち塞がった。彼らはアトランディアの復興に必要なプラーナを収集するため、収穫獣を使い人類を拉致していた。そんな中、人類側では特殊能力「エレメント能力」を持つ子供たちが次々に誕生。人類は堕天翅族と戦うため、「創聖の書」に記された伝説の機械天使「アクエリオン」を発掘する。

地球再生機構ディーバは、預言者リーナの予知夢により「太陽の翼」アポロニアスの生まれ変わりを探し、エレメント能力者のピエールとシルヴィアを派遣。その頃、野生児アポロは仲間のバロンやチビコと共に食料庫に忍び込んでいたが、ピエールとシルヴィアが彼に接触した直後、神話獣が街を襲撃。アポロの目の前で仲間たちが収穫獣に攫われ、彼自身も窮地に陥る。

神話獣撃退のため、グレン、シリウス、麗花の3人が初陣を飾るも、麗花の動揺により合体が破られ、アクエリオンは危機に陥る。その時、ビルに囚われたアポロは突如「アクエリオーン！」と叫び、未知の力に導かれながらベクターソルに乗り込む。そして「創聖合体！」と叫ぶことで、ベクタールナのシルヴィア、ベクターマーズのシリウスと共に合体。ソーラーアクエリオンとして神話獣を圧倒する。

アポロはエレメントスクールに迎え入れられ、一軍入りを果たす。一方、頭翅はアクエリオンの戦いを静観していたが、ディーバが琥珀に封じられた翅を保管していることを知り、自ら行動を開始。バロンを人質にディーバ基地へ侵入し、翅に触れたアポロとシルヴィアは過去生の記憶にアクセス。さらに、シリウスとシルヴィアが紅い翅を持つことが明らかになり、頭翅にも知られてしまう。バロンを殺されたアポロは頭翅を憎み、シルヴィアはアポロへの想いを自覚。シリウスは秘密の露見を恐れ、頭翅は新たな策略を巡らせる。

さらに戦いが続く中、堕天翅族最後の子供・双翅が参戦。双翅は無邪気な態度で戦いを激化させるが、アポロたちに倒される。その後、人類は双翅を捕らえ、その翅を毟るという行為で惨殺。これが頭翅の逆鱗に触れ、シリウスは人類の残酷さを目の当たりにし、頭翅に従う決意を固める。そして、詩翅としてアトランディアに離反し、かつての仲間たちと敵対。強攻型アクエリオンを投入した人類側は、双翅の翅を移植されたグレンと詩翅が戦う悲劇を迎え、シルヴィアは兄との決別を宣言する。

ディーバはシルヴィア奪還とアトランディア侵攻を決行。ベクタールナを奪って逃走する頭翅を追い、アポロとシリウスのベクターが追撃。麗花はピエール、リーナと共に音翅を撃破する。

不動はシルヴィアに「手を合わせた間になにがある？」と問いかけ、彼女は両手の間に生まれる光を見出す。そして、シルヴィアの導きによりアポロ、シリウス、頭翅はわだかまりを超えて合体。ソーラーアクエリオンは金色に輝く「太陽の翼」となり、「無限合体拳」を発動。割れる大地を繋ぎ止め、新たな生命の樹となる。

アポロはシルヴィアに1万2000年後の再会を約束し、シリウス、頭翅と共に人柱となるのだった。