2055年、LBXは世界最高峰のホビーとして認められ、プロリーグの設立をはじめとしたビジネス分野でも大きな影響力を持つ存在となっていた。 そんなLBXを操るプレイヤーを育成するための教育機関「神威大門統合学園」に、2人の転校生・瀬名アラタと星原ヒカルが入学する。 世界で唯一のLBXプレイヤー養成学校への入学に胸を躍らせるアラタだったが、そこでは直径10kmにも及ぶ巨大ジオラマ「セカンドワールド」を舞台にした模擬戦「ウォータイム」への参加が義務付けられていた。
