第1部 エコール編
一年戦争終了後の宇宙世紀0085年4月、北米にある地球連邦軍のモビルスーツパイロット養成学校、通称「エコール」に、サイド3「ジオン共和国」から少女アスナが入学してくるところから物語が始まる。
入学の背後にはニュータイプに絡み連邦軍、ティターンズ、軍需産業といったメンバーで構成される「委員会」なる組織も暗躍していた。
ニュータイプの資質を垣間見せるアスナや他の生徒たちに、ニュータイプの覚醒には実戦が最適だと考えた「委員会」は、マリーらジオン残党の海賊に襲撃を依頼。サイド3へ研修中だった養成学校の生徒を含む艦隊が襲撃され、激戦の末にシンをはじめ多くの生徒が命を落とし、アスナはシンの敵を討つために脱走した。
第2部 マリー編
アスナはシンの敵であるマリーら海賊と共にいた。マリーらは確かにシンの敵だったが、覚醒したアスナも無意識のうちにマリーらの仲間を殺害していた。
補給のためサイド6に寄港した際、アスナの不注意から彼女たちはティターンズに捕らわれてしまう。どうにか脱出には成功するものの、マリーらのエコール生徒襲撃がティターンズの指示であったことを隠すため、ティターンズはマリーらを殲滅しようとする。同じ頃、ティターンズと対立していたエゥーゴがグリーンオアシス（サイド7）に潜入し、ガンダムMk-IIを強奪。情勢はさらに悪化していく。
ティターンズ部隊との決戦で、マリーは重傷を負い、自らの命を散らしてアスナたちを逃がした。
第3部 エゥーゴ編
アスナはエゥーゴに所属し、ティターンズと戦っていた。そのティターンズには、かつての級友であり今は強化人間となったエリシア、教官だったヤハギがいた。
ルオ･カンパニーは元々「委員会」にも加わっていたが、情勢の悪化を察知し、大型モビルアーマー「ダーグウェ」を手土産にエゥーゴに寝返ろうとしていた。そのダーグウェを巡って、専用機ル・シーニュに乗るアスナとエリシアは激しい戦いを繰り広げる。
