時は25世紀。地球から新たな希望を求めて旅立った恒星間移民船は、幾多の困難を乗り越え、ブラックホールを抜けた果てに惑星イズモへとたどり着いた。地球からの移民たちは、現地のイズモ人たちと手を取り合い、共存する平和な村を築き始めていた。
それから12年。突如として平和を破る脅威が現れる。ヤマタノオロチの復活を目論むツクヨミの配下が村々を襲い始めたのだ。そんな中、地球人入植者であるヤマト夫妻の息子・少年ヤマトタケルは、戦火の中で偶然「魔空戦神スサノオ」と出会う。
タケルはスサノオに乗り込み、ツクヨミ軍を撃退することに成功するが、暴走したスサノオは味方の開拓村まで焼き払ってしまう。その結果、タケルは村を追放されてしまう。
しかし、ツクヨミの野望を阻止することを決意したタケルは、スサノオの導きに従い、新たな仲間たちと共に冒険の旅へと旅立つのだった。
