孤独を好む少年・流竜馬は、ある日突然、異形の怪物「不進化体」によってクラスメイトを惨殺され、学校を破壊されるという惨劇に巻き込まれる。混乱の中、彼の前に現れたのは、謎の老人・早乙女博士。博士の導きにより、竜馬はゲッターロボに乗り込むこととなる。 竜馬は、同じくパイロットとして選ばれた神隼人、巴武蔵とともに、不進化体との戦いへと身を投じていく。 戦いが続く中で、彼らは衝撃の真実に辿り着く──この世界は仮想世界であり、そして自分たちは“作られた存在”であるという事実を。
