最強の魔竜剣士
グラナダ王国で行われる聖騎士選抜会へ向かう途中、騎士マーベットは野党・ヘルアクシズ団の襲撃を受けるが、謎の男・ゼロガンダムに救われる。負傷したマーベットの代わりに選抜会に出場したゼロは、リガカイザー・ゼロカスタムを駆って勝ち進み、ついに決勝へと挑む。しかし、聖騎士ネオスライドとの激闘の最中、ヘルアクシズ団が乱入し、優勝賞品である白金のハルバートを強奪しようとする。
幻魔王の挑戦
ゼロは龍機ドラグーンを召喚してヘルアクシズ団を退けると、ゲモンが使った「風雲竜巻斬」の秘密を探るため、ルナツー村へ向かう。だがそこは、スダ・ドアカ・ワールドの占領を狙うザンスカール族の前線基地と化していた。ゼロは後を追ってきたネオスライドや、道中で救った双子のヘキサツインズと共にルナツー基地へと突入する。そこでゼロを待っていた幻魔王バイスガンダムは、自らがゼロの父であることを明かす──。
竜を継ぐもの
バイスガンダムに敗れたゼロは、騎士ヴィクトリーに救われ、修行の地・リガマウンテンへと導かれる。かつての友・騎士ヴイスクエアのもとで修行を積んだゼロは、やがて“聖なる心”を得て、魔竜騎士の称号を授けられる。
その頃、ザンスカール族は超巨大遺跡「ドゥームハイロウ」を発動。一方、ユニオン族は連合軍を結成し、これに立ち向かおうとしていた。
聖龍の王者
バイスガンダムを打ち破ったゼロだったが、ドゥームハイロウの猛威によって、ユニオン族は壊滅。ゼロだけが生き残り、ザンスカール帝国の支配者・幻魔皇帝アサルトバスターとの最終決戦に挑む。
