ギフトジウムと呼ばれる鉱石が大地を覆う惑星ギフト。ガーデン・インディゴの街に住む少年ソウゴ・アマギは、研究者である母を持ち、鉱石集めを趣味としていた。ある日、ソウゴは赤く光る鉱石を発見し、クラスメイトの少女カオン、そして同級生のロマンとオットの騒動に巻き込まれて、街の地下へと続く大穴に転落してしまう。
一方、その地下深くの地底湖では、ギフト行政府軍がある作業を進めていた。ソウゴとカオンが周囲を探索する中、水が引いた地底湖で謎の少女と出会い、さらに行政府軍と未知のロボットが戦闘を繰り広げる場面を目撃する。
