マジカルゲート編
西暦2100年、世界はコンピューターネットワーク「ワールドリンク」で結ばれ、その上で子供たちが交流できる仮想体験世界「マジカルゲート」が運営されていた。しかし、悪性の自立コンピューターシステム・デリトロスが出現し、マジカルゲートの機能を侵蝕してワールドリンク全体、さらには人間世界の消滅をも企む。
マジカルゲートを守る防衛プログラム「ウェブナイト」の1人であるグラディオンは、自身とシンクロできる少年、「ウェブダイバー」結城ケントと出会う。ケントとグラディオンは最高のパートナーであり親友となり、デリトロスの手先となったウェブナイトと戦いながら、捕らわれたケントの弟・結城カイト、ライバルの浅羽ナオキ、年上の倉知ショウといったクラスメイト、さらに世界中の子供たちを救い、マジカルゲートの平和を取り戻すため戦い続ける。
デリトロスゲート編
全てのウェブナイトを洗脳から解放したグラディオンだったが、彼と仲間たちは「デリトロスゲート」へと強制転送される。デリトロスの野望を阻止し、現実世界へ帰るため、ケントと仲間たちは冒険を続ける中で、デリトロスの攻撃が百万年前から続く宇宙規模の侵略であることが明らかになり、現実世界をも巻き込む最終決戦へと突入していく。
