魔法之門篇
西元2100年，世界已經被名為「世界連結（ワールドリンク）」的電腦網路所連結。在這個網路上，全球的孩子們可以進行交流的虛擬體驗世界「魔法之門（マジカルゲート）」中，出現了一個惡性自主電腦系統——「戴利托羅斯（デリトロス）」。德里托斯逐漸侵蝕了魔法之門的絕大多數功能，企圖毀滅整個世界連結，甚至將人類世界一併摧毀。
為了保護魔法之門而設立的防衛程式「網路騎士（ウェブナイト）」之一——格蘭迪昂（グラディオン），遇到了能與他同步的少年「網路潛行者（ウェブダイバー）」結城肯（結城ケント）。健人成為了格蘭迪昂的最佳夥伴與摯友。兩人一同對抗被德里托斯洗腦並成為其手下的網路騎士們，並展開行動，拯救被囚禁的健人的弟弟結城凱（結城カイト）、競爭對手淺羽直樹（浅羽ナオキ）、年長的倉知翔（倉知ショウ）等肯的同班同學，以及全球的孩子們，為奪回魔法之門的和平而戰。
戴利托羅斯之門篇
在激戰中，格蘭迪昂成功拯救了所有被洗腦的網路騎士。然而，格蘭迪昂和他的夥伴們卻被強制傳送到「戴利托羅斯之門（デリトロスゲート）」。為了阻止德里托斯的野心並返回現實世界，健人與他的夥伴們踏上了冒險旅程。隨著戰鬥的深入，他們發現德里托斯的攻擊是從數百萬年前開始的宇宙級侵略，並最終將戰鬥引向攸關現實世界的最終決戰。
