クルゾン大陸では、地中から化石燃料が採れず、人々は生まれつき石英に命令を与える「魔力」を持っていた。石英を利用して、照明や機械の動力源とし、人型兵器「魔動巨兵（ゴゥレム）」を造り出している。この世界で、魔力を持たない希少な存在であるライガットは、ある日、士官学校時代の親友で現クリシュナ国王のホズルに召喚される。そこでライガットは、軍事大国アテネス連邦がクリシュナに侵攻し、前線部隊の隊長が士官学校時代の親友ゼスであること、さらにアテネスはホズルやシギュンら王族の処刑を要求していることを知らされる。
ホズルに案内された石英採掘場で、ライガットは古代のロボット「古代（アンダー）ゴゥレム」を発見する。動力用の石英がなく誰も動かせなかったそのゴゥレムを、偶然にもライガットが起動させる。これを機に、ライガットは古代ゴゥレム「デルフィング」の操縦者となり、ゼスとの交渉に臨むが失敗。戦闘に巻き込まれ、結果として味方と敵兵の2人を死なせてしまう。ライガットは一度は故郷に帰ろうとするが、ホズルが降伏しようとしていることを知り、軍に入隊。デルフィングの専属操縦者となる。
ライガットは初出撃でゼスの部下クレオを捕虜にするが、ゼスには逃げられてしまう。やがて、危険人物ジルグが加わった第一独立戦隊に配属され、アテネス軍との戦いが激化する中、戦争の天才と呼ばれるボルキュスが動き出す。ライガットは強化されたデルフィングでボルキュス軍を迎え撃ち、バルド隊を救出することに成功する。
しかし、ボルキュスの部隊がライガットの故郷に向かっていることを知ったライガットは、命令を無視して単身で追撃するが、ボルキュスとの一騎打ちに敗北し、捕虜となる。ナルヴィの機転で脱出するものの、ジルグはボルキュスに捕らえられ、ライガットを庇って処刑される。クリシュナは捕虜交換と停戦協定を結ぶが、ライガットの心にはボルキュスへの復讐心が燃え上がる。
停戦が終わると、王都ビノンテンを巡る攻防戦が始まる。クリシュナ軍は「人柱（サクリファイス）作戦」を発動し、ザンスの裏切りを装った行動とライガットの奮戦により、ボルキュスを孤立させる。ライガットとボルキュスの一騎打ちが繰り広げられ、ライガットはボルキュスのヒュケリオンを大破させる。ボルキュスを捕虜にしようとするが、ジルグの死の真相を聞かされ激怒し、ボルキュスを殺害。アテネス軍は総崩れとなり、ビノンテン攻防戦はクリシュナの勝利で終結する。
