この物語は、男性だけの惑星国家「タラーク」と女性だけの船団国家「メジェール」が長年にわたり星間戦争を続ける遠く離れた銀河で展開されます。互いに存在を嫌悪し憎み合う両国家は、戦争に明け暮れる日々を送っていました。
タラークの下層階級で機械工として生きる少年ヒビキ・トカイは、仲間にけしかけられて新兵器「九十九式蛮型撲撃機」(通称:蛮型)を強奪すると約束し、移民船「イカヅチ」に密航します。しかしすぐに発見され、監禁されてしまいます。その後、メジェールの宇宙海賊「メジェール・パイレーツ」がイカヅチを襲撃し、混乱の中でヒビキは監禁から脱出、蛮型を探し出しますが、その途中でメジェールのパイロット見習いの少女ディータ・リーベライと遭遇します。彼女との予期せぬ出会いが、ヒビキの運命を大きく変えていくのです。
一方、タラーク側はイカヅチの旧艦区を切り離し、空間魚雷「村正」でメジェール・パイレーツを殲滅しようと企みます。しかし、旧艦区内にあった制御システム「ペークシス・プラグマ」が突如暴走し、船は別の宙域に転送され、旧艦区と海賊船が融合してしまいます。ペークシスの光に包まれたヒビキの蛮型は、全く異なる姿に変貌します。
物語は、謎の監視システムの攻撃にさらされる中、男女が協力して戦う道を選び、やがてヒビキの蛮型とディータのドレッドノートが「ヴァンドレッド」に融合・合体し、強大な力で敵を撃破していく展開へと進みます。
監視システムから得られた情報によると、「刈り取り」と呼ばれる謎の作戦がタラークやメジェールに未曾有の危機をもたらすことが判明します。危機を知らせるために、ヒビキたちとメジェール・パイレーツは融合船「ニル・ヴァーナ」で帰還の旅を始めるのでした。