太正十六年、帝都東京。空中戦艦ミカサの機関部を民生に利用し、帝都は急速な発展を遂げていた。しかしその一方、蒸気機関の暴走事件が頻発するようになる。日本に帰国し、再び帝都防衛の任務に就いた大神一郎は「帝国華撃団・花組」の仲間と共に出撃する。
突如として現れた魔操機兵と戦う花組だが、思いもよらぬ敵の能力に絶体絶命の窮地に陥ってしまう。万策尽きたかと思われた時、救いの天使が舞い降りた。大神と共に巴里の街を守った「巴里華撃団・花組」が、遥か彼方の地フランスから飛来したのだ。
帝国華撃団と巴里華撃団。二つの華撃団が力を合わせ、いよいよグランドフィナーレの幕が上がる。
