地球人とゼントラーディ軍ボドル基幹艦隊との決戦後、和解した地球人とゼントラーディ人は共存の道を歩み始めた。それからも地球は幾度となく異星人の脅威にさらされたが、そのたびに可変戦闘機と歌の力で切り抜けてきた。そして、80年の月日が流れた。
2090年代。太陽系の木星軌道上へ、異星人とおぼしき未確認艦隊がデフォールドする。地球統合軍は敵をはぐれゼントラーディ艦隊と認識し、歌によるカルチャーショックを与えるべく「オペレーション・ミンメイ（ミンメイディフェンス）」で迎え撃つ。それは序盤こそ効果を発揮するが、途中から敵艦隊も歌を発したことによって形勢は逆転していく。まもなく、激しさを増した敵の攻撃によってミンメイディフェンスを崩された統合軍は敗北する。
その戦場を取材中だったテレビレポーターの神崎ヒビキは、統合軍の攻撃によって轟沈寸前だった敵艦内から歌巫女のイシュタルを救出し、地球へ連れて帰る。また、ヒビキは戦場の記録映像も持ち帰るが検閲に遭い、統合軍が勝利したかのように報道される。その後、イシュタルは地球の郊外にそびえ立つマクロスのことを伝説に残る「アルスの船」ではないかと考え、ヒビキは敵艦に捕らわれた際に新たな敵の「マルドゥーク軍」が戦いの歌によってゼントラーディ兵を服従させてきたことを知る。敵艦から逃れたヒビキが統合軍のパイロット、シルビー・ジーナとともに奔走する一方、地球の文化に触れたイシュタルは戦いを止めるべく、戦場へ愛の歌を捧げる。
