宇宙世紀0100年、ラー・カイラム級戦艦「アドミラル・テアンム」において、ユーリー・ミノフスキーは機械知性（MI）を搭載した最新鋭モビルスーツ、開発コードF-90のテストパイロットを務めていた。試験プログラムが終盤に差し掛かった頃、地球では接近する小天体が注目を集めていた。
しかしその正体は、かつて旧ジオン公国軍のミノフスキー博士が20年前に打ち上げた衛星兵器であり、核ミサイルを搭載したうえに、無差別に兵器を破壊するプログラムが組み込まれていた。
博士の孫であるユーリーは、F-90を駆ってこの脅威に立ち向かうこととなる。
