突如、人類に牙を剥いた者たちが現れた。その姿は古来から伝わる伝説の生き物「鬼」そのものであった。
ゲッター線研究の第一人者である早乙女博士は鬼たちに対抗するべく、ゲッター線を動力とする巨大ロボット・ゲッターロボを開発するが試作型のゲッターロボでは鬼に太刀打ちできなかった為、新型のゲッターロボを開発し、それを乗りこなせる3人のパイロットを見つけ出す。
1人目は空手の達人ながらも空手界を追放された流竜馬。2人目はテロ組織のリーダー・神隼人。3人目は暴れん坊から僧侶となった武蔵坊弁慶。いずれも曰く付きだがゲッターのパイロットには適しており、3人は鬼との戦いに身を投じていく。