バイストン・ウェル全土を巻き込んだオーラマシンによる未曾有の大戦乱から、700年が経過した。「黒騎士」と呼ばれ、バイストン・ウェル征服に燃えるラバーン・ザラマンドは、オーラバトラー「ズワウス」を駆り、配下の者と共に伝説の「バランバランの秘宝」を守護する一族を襲撃する。一族は敗れ、さらにその姫である少女レムル・ジルフィードと狩人の少年シオン・ザバがラバーンに捕われてしまう。
レムルとシオンは、ミ・フェラリオのシルキー・マウに導かれてラバーンの城から脱出すると、「バランバランの秘宝」と呼ばれるオーラバトラー「サーバイン」のもとへ向かう。そして、ズワウスで追撃してきたラバーンを迎え撃つべく、シオンはサーバインを覚醒させる。