《SEED DESTINY》的故事發生在《SEED》結局的兩年後，戰火再次席捲宇宙與地球。
故事始於歐普聯合領導人卡佳里·由拉·阿斯哈與P.L.A.N.T.時任議長吉伯特·杜蘭朵在P.L.A.N.T.的殖民衛星會面，雙方針對戰時流落至P.L.A.N.T.的歐普技術人員去向問題進行討論。然而，會談期間，殖民衛星內發生了機動戰士搶奪事件，三架新造機動戰士遭到一支名為「幻痛」的神秘武裝組織竊取，該組織受極端組織「藍色宇宙」操控。此時，擔任卡佳里保鏢的阿斯蘭·薩拉與札夫特駕駛員真·飛鳥等人一同乘坐札夫特戰艦「智慧女神號」展開追擊行動。
在戰鬥中，智慧女神號奉命摧毀一座殖民衛星殘骸，以防其墜落地球。然而，行動未能完全成功，部分殘骸仍然墜落地球，導致地球聯合與札夫特之間的緊張局勢急劇升級，最終引發了第二次戰爭。歐普聯合選擇與地球聯合結盟，甚至加入了「藍色宇宙」，進一步加劇了衝突。這場戰爭促使三方勢力與札夫特軍爆發數次激烈交戰，同時，阿斯蘭也因這一連串事件返回P.L.A.N.T.並重新加入札夫特軍。
隨著戰爭持續，「大天使號」介入戰局，試圖阻止札夫特與地球聯合間的衝突。儘管與大天使號聯手，但卡佳里仍未能阻止歐普陷入戰爭，導致大天使號也被捲入其中。隨著局勢惡化，杜蘭朵議長將大天使號與阿斯蘭的好友煌·大和視為敵人，並命令阿斯蘭將他們擊毀。然而，阿斯蘭開始對議長的行為產生懷疑，並最終決定與美玲·霍克一同叛逃札夫特。
另一方面，卡佳里成功奪回歐普聯合的領導權，迫使「藍色宇宙」成員逃往太空。其領袖洛德·吉布列下令發射軌道間全方位戰略砲「鎮魂曲」，對P.L.A.N.T.的多個殖民地發動毀滅性攻擊，造成大量人員傷亡。隨後，智慧女神號成功擊殺吉布列，並奪取「鎮魂曲」。此時，杜蘭朵公開了名為「命運計劃」的政策，該計劃依據天生基因優勢決定人類的職業與人生方向，以確保社會穩定。杜蘭朵更進一步聲明：「誰反對命運計劃，就是人類的敵人，必須加以排除。」這一決策導致札夫特內部的矛盾加劇，智慧女神號的成員與大天使號及其他反對札夫特軍的人馬發生正面衝突。
最終，煌·大和駕駛ZGMF-X20A「攻擊自由」，阿斯蘭·薩拉駕駛ZGMF-X19A「無限正義」，聯合盟友展開最終決戰，成功擊敗智慧女神號與「鎮魂曲」的守軍。杜蘭朵則最終死於其追隨者雷·札·巴雷爾之手，結束了這場戰爭。
本劇在原版動畫及後來的「特別篇」中對結局進行了擴展。在杜蘭朵死後，拉克絲·克萊因帶領地球聯合、P.L.A.N.T.與歐普聯合進行和談，最終結束戰爭。經歷多場戰鬥後，煌與真再次面對面，兩人互相承諾將攜手共創更美好的未來，為戰亂劃下休止符。
