本作的故事發生於 P.D.（Post Disaster）323年。三百年前，地球曾爆發一場毀滅性的戰爭——「厄祭戰爭」。戰後，地球圈捨棄了舊有的統治體制，建立起一套新的支配系統，使世界進入了短暫的和平。然而，在遙遠的火星圈，那些屬於地球圈的殖民地卻逐漸累積起不滿與反抗之情。
位於火星的都市克里斯，當地民眾渴望擺脫地球勢力的經濟控制，追求自主獨立。而站在這場運動最前線的，便是獨立派領袖少女——庫德莉雅·藍那·伯恩斯坦。她的行動觸怒了地球當權者，因而被視為眼中釘，地球方面派出強大武裝組織——「末日號角」，意圖將她暗殺或掌控。這個組織專責鎮壓一切對地球圈不利的叛亂與威脅，實力深不可測。
本作主角三日月·奧古斯，是火星民營保全公司「克里斯護衛保全」（CGS）三號隊的成員。CGS多半收留貧困孤兒，編入三號隊，並強制進行名為「阿賴耶識系統植入手術」的改造，以便操縱專用的機動工兵。然而，三號隊長年以來被視為一號隊的後備與消耗品，無論三日月、昭弘、尤金等人擁有多強的實力，都未受到應有待遇。
某日，CGS接下了護送庫德莉雅的任務，卻不幸遭遇「末日號角」的襲擊。面對強敵，一號隊選擇拋棄三號隊與庫德莉雅，計劃自保撤退。這場背叛點燃了三號隊的怒火，三號隊的領袖歐格·伊茲卡挺身而出，決定率領被當作棄卒的夥伴們奮力一戰。
在這場危機之中，三日月走入基地地底，啟動了曾在厄祭戰爭時期出戰過的古老機體——「獵魔鋼彈」。這架MS長年被當作能源爐使用，真實身份無人知曉。而透過自身的阿賴耶識系統，三日月首次與獵魔鋼彈連結，發揮出驚人的戰鬥力，成功擊退「末日號角」。
隨著敵人撤退，CGS的一號隊回歸，然而三號隊與其長年累積的對立與矛盾也即將全面爆發。 至此，一場關於少年們的抗爭、信念、與戰火的旅程，正式揭開序幕。
