第1部 宇宙篇
U.C.0079年，地球聯邦政府與吉翁公國之間的「一年戰爭」進入尾聲。聯邦軍的反攻浪潮已逼近吉翁公國本土的宇宙要塞「阿·保瓦·空」。宇宙殖民衛星群Side 4「莫爾」在戰爭初期因吉翁軍的攻擊變成廢墟，殘骸至今仍帶電放電，形成「雷霆宙域」的閃電現象。這片宙域位於聯邦軍前往「阿·保瓦·庫」的補給路線上。吉翁軍派遣了一支名為「活死人師團」的部隊潛伏在此，狙擊聯邦軍的補給部隊。為應對狙擊，聯邦軍派出由Side 4生還者組成的艦隊前往「雷霆宙域」，目的是找到並擊潰吉翁軍部隊，確保補給線安全。
沙鼠的尚恩
U.C.0080年，「一年戰爭」結束。自「雷霆宙域」戰鬥後，吉翁軍「活死人師團」的尚恩·三田寺上士流落地球，擔任回收商護衛工作，意外捲入與聯邦軍的衝突中。
第2部 地球篇
U.C.0080年，戰爭結束約七個月後，聯邦軍強襲登陸艦「斯巴達」降落地球，執行代號「雷霆」的作戰。作戰目標是擁有自治權的地球聯邦「南洋同盟」，找出並阻止南洋同盟利用「一年戰爭」末期獲得的資料，在境內開發的「再利用·P·裝置裝備高機動型薩克」。伊歐·弗萊明在「雷霆宙域」戰鬥後，成為復興中的Side 4英雄，被投閒置散的他運用家族影響力乘上「斯巴達」，參與這場與自己有關的「再利用·P·裝置裝備高機動型薩克」追捕作戰。吉翁殘黨也接到此情報，認為這是復興吉翁公國的契機，命令曾是「活死人師團」皇牌狙擊手、現為吉翁殘黨的戴瑞·羅倫茲找出其下落。伊歐與戴瑞在「雷霆宙域」結下宿怨，再次在戰場上交鋒。
