五年前，恐龍帝國發動侵略，但最終在蓋特機器人（ゲッターロボ）的英勇奮戰，以及巴武藏的犧牲下得以終結。受到重創的恐龍帝國被迫退回地底岩漿層。
然而，蓋特機器人在自爆時所展現出的毀滅性威力，甚至足以讓紐約市（ニューヨーク）從地圖上消失，這樣的力量引發了國際社會的極大恐慌。在強大的外交壓力下，早乙女研究所被迫中止一切與蓋特線（ゲッター線）相關的研究，甚至研究所本身也遭到全面封鎖。
但另一方面，曾是蓋特機器人駕駛員的神隼人（神隼人）等人預見到恐龍帝國有再度復甦的可能，便加入了防衛組織「N.E.S.A.（ネーサー）」。他們著手開發全新的蓋特機體——新蓋特機器人（ネオゲッターロボ），此機體不依賴蓋特線，目的是為了對抗恐龍帝國的再襲。
然而，這台新型機體仍存在重大缺陷：即便是測試機，其對駕駛員造成的負擔也極為沉重，導致參與測試的駕駛員無法承受。尤其是Neo 蓋特1（ネオゲッター1）的第三名駕駛員人選始終無法確定。
就在此時，恐龍帝國再度現身，機械恐龍軍團（メカザウルス）橫行肆虐。就在這場危機之中，隼人發掘了一位新的駕駛員候補——那就是黑市摔角界的霸主，一文字號。
