5年前恐龍帝國的侵略，因蓋特機器人的活躍，最後以巴武藏的犠牲作終結。大受打撃的恐龍帝國因而退到熔岩層。另外，因為見到紐約受到毀滅性的破壞，受驚的國際社會因而對早乙女研究所施加壓力，迫使其凍結一切有關蓋特線的研究。
另一方面，蓋特機器人的駕駛者神隼人預見到恐龍帝國復活在即，開發出並非使用蓋特線作動力的蓋特機器人——「NEO蓋特機器人」。隨著恐龍帝國再度來襲，必須要決定3位駕駛員。
一如所料恐龍帝國再次出現。在機械恐龍引發的暴亂中，終於找到第3位駕駛員，地下摔角之霸者——一文字號…