國中生石蕗大哉（ツワブキ・ダイヤ）天生擁有卓越的運動能力，卻因過於突出而被周遭的人們排擠。五年前，大哉曾跟隨父親搭乘小型船前往海中央探險，沒想到途中海面竟燃起黑色火焰，火焰中浮現出一頭巨大怪獸。在混亂中，父親和船員們相繼落海，生死未卜。
就在千鈞一髮之際，一頭巨大機械龍突然現身，保護了大哉。然而，這段經歷無人相信，大家只當成他的幻想。即便如此，大哉依然不斷鍛鍊體能，只為有朝一日再面對那頭怪獸時，能夠保護自己與重要的人。
終於，那一刻來了。大哉所居住的城鎮再度出現了與當年相同的巨大怪獸。就在危急時刻，當年曾拯救過他的巨大機器龍「大空魔龍」再次現身。機器龍的頭部射出，變形成為超級機器人「骸骨王」。
在神秘少女露露（ルル・アージェス）的指導下，大哉成功操控骸骨王，擊敗了怪獸。隨後，他從大空魔龍的艦長格里斯口中得知，地面世界正受到來自異世界「達留斯」的威脅。
為了保護地球，也為了尋找被認為已經死去的父親，大哉決心離開母親與朋友，搭乘大空魔龍，踏上前往異世界達留斯的旅途——一場關乎地上世界存亡的戰鬥，就此展開。
