作為普通市民的阿瑪塔‧空，在播放《Aquaria舞動於空》的戲院中遇到看一次就迷上電影的御子乃‧鈴白，二人後來亦因為這個話題而開始到城中閒逛。這時候，Altair界向他們生活的城鎮進行兩年來幾乎沒有停過的攻擊，不同的是今次出現了新型Abductor，令人類一方——由Neo DEAVA管轄，並由聖天使學園學生操控的機械天使Aquaria沒法招架。戰火很快波及到剛剛認識的二人，阿瑪塔在危急關頭使用身體潛在的Element能力飛走，卻又突然被Aquaria系統選中為Vector Z駕駛員……
隨後，阿瑪塔和御子乃都在機緣巧合下加入Neo DEAVA，遇上了不少早被發掘的同學，亦親身見證和經歷不少曖昧關係的高潮起跌。這一切的發展都被Altair界某位神官未影‧神呂木看在眼內，隨之利用其神力和一手撫養的少年神樂‧戴姆里，不停向他們的星球Vega發動攻勢。然而，這些攻勢並不是依循著Altair界戰鬥的大方向，而是跟一部經歷多個一萬二千年的神話有關。在真相和幻象遊走的眾人，既渴望打破命運的束縛，又對前世感覺難以抗拒，使這個機械天使的神話添上可歌可泣的新篇章。