企圖顛覆幕府的老中コーン守，暗中與幻ナリ斎領導的カラカラ一族合作，試圖利用各種機器人將エドロポリス陷入混亂。コーン守通過不斷在城市中引發混亂，藉此削弱町人對將軍的信任，從而實現他的野心。
與此對抗的是由ヤッ太郎、スカシー、プルルン三人組成的秘密忍者隊ニャンキー，這個組織是由早已察覺コーン守動向的大目付ワンコー守秘密組織起來的。ニャンキー成員在ピザ屋「ピザキャット」工作，同時為了保護エドロポリス的正義和和平，他們每天都在奮勇戰鬥。