西元1999年，人類透過在地球上一艘墜落的外星人太空船（後來被稱為SDF-1馬克羅斯）上發現的超越科技，獲得了星際航行技術「折疊」。然而，經歷了與外星人的「第一次星際大戰」後，人類深刻體會到自己是多麼無助的存在，因此開始實施太空移民計劃。各種移民艦隊散佈至銀河系，開始進行對發現的行星的移民。然而，與宇宙生物的遭遇演變為巴羅塔戰役、Vajra戰役等戰鬥。
距離Vajra戰役一年後的2060年，隸屬於民間軍事公司S.M.S的塞菲拉分公司的飛行員，里昂·榊前往邊境行星烏洛波羅斯，以交付YF-25預言戰機。然而，他被一架神秘飛行器擊落，並被S.M.S烏洛波羅斯分公司的總經理艾莎·布朗夏特所救。完成交付YF-25的任務後，里昂試圖返回，但在烏洛波羅斯的星球上出現了一種稱為烏洛波羅斯極光的時空障礙，使他無法返回。
里昂被迫在S.M.S烏洛波羅斯分公司擔任臨時員工，協助進行遺址調查，並在遺址地下發現了一名失憶的少女米娜·福爾特。看來米娜與遺址有關，據她所說，遺址和這個時空的異變之間存在著某種聯繫。隨著調查的深入，里昂和他的同伴們將遇到跨越時空的傳說歌姬和飛行員。