部分前NERV成員集結組成反NERV組織「WILLE」，對NERV的EVA進行殲滅行動。WILLE所屬EVA改2號機（搭乗者：式波・明日香・蘭格雷）和8號機（搭乗者：真希波・真理・イラストリアス）在衛星軌道上對被NERV封印的初號機進行奪回作戰「US作戰」。改2號機受到自動防衛系統「Mk 04A」的攻擊，在8號機的援護射撃下進行突破。接著遭到被與初號機收容在一起的「Mk 04B」的阻擊而面臨墜入大氣層燒毀的危險，明日香向真嗣求救，暫時覺醒的初號機將使徒消滅，2號機和初號機一同返回地球。作戰成功。在WILL-E的戰艦「AAA Wunder」上醒來的真嗣，於14年之後與葛城美里和 明日香等WILL-E成員相遇，眾人認為真嗣為引起「近第三次衝擊」（Near Third Impact）的元兇、因此遭到冷遇。在被警告不要再駕駛EVA，並被告知在駕駛EVA並會引起其覺醒的情況下需要佩戴能致死的項圈「DSS Choker」（但完全沒有告訴他任何原因，也沒有告訴他WILLE為NERV及SEELE的敵人），並告訴他並沒有救到零（也沒有告訴他零擁有許多備 份）。Wunder遭「復仇女神系列」4機的襲擊，擁有「弒神之力」的Wunder將其以炮擊消滅。之後NERV所屬的EVA Mark.09前來襲擊Wunder，聽出駕駛員為零的聲音的真嗣同Mark.09一道前往NERV（在WILLE一方一直說沒有救到零時，真嗣就聽到 EVA發出零的聲音來找他）。地表之上的第3新東京市早已消失，回到被摧毀的NERV總部的真嗣，接到碇源堂命令，被要求同渚薰一起駕駛EVA第13號機。真嗣在得知零依然活著之後，在鋼琴二重奏中與薰得以熟悉，逐漸重新振作起來。然而，由於自己在14年前引發了「近第三次衝擊」，以及零只是自己母親的複制人，明白自己所認識的那個零並沒有對被自己所救出一事而感到絕望。第13號機完成後，真嗣以「被戴上項圈所以無法搭上EVA」「搭上EVA也總沒好事」「每個人都無法相信」拒絕薰，薰去掉了真嗣的項圈並將其戴到自己的脖子上並說「當第13號機手持朗基努斯與卡西烏斯兩把槍，就能讓世界重新來過」，將真嗣說服。真嗣決定駕駛第13號機。真嗣和薰一同駕駛的第13號機同綾波零駕駛的Mark.09一起抵達了中央大垂直溝的最深處，在此薰看到Lilith和EVA Mark.06分別被長槍貫穿，薰對此處出現的是兩把同樣的槍而不是朗基努斯與卡西烏斯兩把槍感到疑惑。然而在此時，13號機遭到明日香的改2號機和真理的8號機的襲擊，薰此時拒絕出戰。薰試圖阻止真嗣拔出槍，但遭到情急的真嗣的拒絕，後者強行將來自薰對EVA的控制切斷（也可能不是真嗣主觀上要切斷渚熏對13號機的控制，13號機應該是被真嗣的父親碇源堂做了手腳），拔出了兩把槍。之後，第2使徒Lilith的屍骸土崩瓦解，潛藏在Mark.06體內的第12使徒重又開始活動。Mark.09將Mark.06的頭斬落，後者體內出現黑色的帶狀使徒將第13號機繞起來，此時第13號機覺醒，全身布滿核心的第12使徒迅速縮小，然後被吞噬。Mark.09作為「Adam的容器」試圖搶奪「AAA Wunder」的控制權（實際上是「AAA Wunder」內初號機的控制權），明日香前來使用「代號777」將改2號機變形後與之交戰，並在最後強行射出插入栓，改2號機與Mark.09同歸於盡。另一邊，由於第四次衝擊開始，薰脖子上的炸彈被引爆，可是衝擊還是繼續進行，真理強行拔出真嗣的插入栓才阻止了衝擊。碇源堂及冬月利用此次機會，將SEELE全部關機，因為SEELE認為人類補完計畫已經發動，他們可以安心的死亡；而後他們（碇源堂及冬月）表示， 所有的行動「幾乎都順著SEELE的計劃」，「但排除了SEELE的少年（薰），第13號機也被引致覺醒，葛城大佐的動向也在計算之內，現在這樣就足夠 了」。陸地上，明日香找到真嗣的插入栓，艙內的真嗣再度進入自閉狀態，明日香只好拽著真嗣走出插入栓。此時零（Q中新出現的零，非破和序中的零）也出現，於是三人一起走向遠方，Q的劇情完結。