U.C.0120年，經過過去的騷動，在平靜的日子期間，地球聯邦軍第13實驗部隊被要求測試次期主力 機動戰士的開發方案，海軍戰略研究所（Strategic Naval Research Institute，簡稱S.N.R.I.）的試驗成品機動戰士「鋼彈F90」。在試驗的途中被舊吉翁軍的神祕機動戰士襲擊，最後鋼彈F90二號機遭到強奪。地球聯邦軍第13實驗部隊被編成地球聯邦軍第13獨立機動艦隊，為了奪回鋼彈F90二號機向吉翁軍的根據地前往火星。