洛克人 X2

最強的思考型機器人、非正規機器人獵人第17精銳部隊的隊長──西格瑪，突然向世界宣戰叛亂。兩位新的獵人成員：艾克斯與傑洛，一同將西格瑪消滅人類、建立只有思考型機器人國度的計劃破壞，世界亦回復和平，但傑洛也犧牲了自己的性命。

第一次思考型機器人大戰後的六個月──非正規機械發生暴亂的事件數量不降反升，經獵人組織的總部調查後，證實在某一處荒涼沙漠中，有一座廢棄工廠被重建起來並製造充滿惡意的機械，而這些生產出來的製成品中，皆裝有刻上前西格瑪軍隊標誌的晶片。剛剛上任獵人第17精銳部隊的艾克斯帶隊調查，成功破壞該工廠。

不久，一個自稱反擊獵人的組織向艾克斯宣稱他們擁有傑洛的身體部件，並向艾克斯作出挑戰：打敗八位反亂的思考型機器人。的確，此時凱恩博士正擁有著傑洛的晶片，在上一次大戰傑洛的自爆風波中奇跡無損。同時，這也意味著，誰能擊倒對方，就能夠奪取傑洛的部件並將其復活。

一方為了朋友，一方為了野心，一場新的戰鬥，一切即將爆發。